Biarpun telah diperuntukkan dalam undang-undang tertinggi di negara iaitu Perlembagaan Persekutuan, masih terdapat beberapa limitasi terhadap kebebasan beragama . Kebebasan beragama adalah terhad kepada ketenteraman awam, kesihatan awam dan juga moral; perkara 11(5)

Ketenteraman Awam

• Selagi sesuatu kelakuan atau perbuatan yang dilakukan dengan alasan bahawa ianya termaktub dalam kebebasan beragama tersebut tidak memudharatkan ketenteraman awam dan menjejaskan keamanan, maka kelakuan atau perbuatan tersebut boleh terus dipraktikkan.
• Ketenteraman awam didefinasikan sebagai;

"keamanan dan keselamatan yang dirasai oleh semua orang yang berada di bawah perlindungan undang-undang" ; Re Tan Boon Liat [1976] 2MLJ 83

"securing public order covers suppression of crimes which endanger the safety of the people and cause harm to society...it is notorious fact that the trafficking in drugs causes serious harm and destroys the body politic not only nationally but also internationally"; Re P.E Long & Ors lwn Menteri Hal Ehwal salam Negeri [1976] 2MLJ 133

• Seseorang yang ditahan di bawah ISA adalah bertujuan untuk menghalangnya daripada melakukan sesuatu yang mengugat keselamatan negara. Namun begitu, seseorang itu tidak boleh dihalang daripada memeluk dan mengamalkan agamanya; Jamaluddin bin Othman lwn Menteri Hal Ehwal dalam Negeri Malaysia [1989] 1MLJ 368
• Kes-kes lain yang boleh dirujuk adalah; kes Su Yu Min lwn Ketua Polis Negeri (Sarawak) [2005] 6MLJ 768 berkenaan kegiatan loteri 4 digit yang dihujahkan bahawa tidak menjejaskan ketenteraman awam dan kes Hjh Halimatussaadiah bte Hj Kamaruddin lwn Public Services Commision & Anor [1994] 3MLJ 61 membabitkan kakitangan kerajaan yang memakai purdah ke tempat kerja.
• Antara kesalahan yang menjejaskan ketenteraman awam disenaraikan di bawah Kanun Keseksaan;

a)Memusnahkan atau merosakkan rumah ibadat bagi tujuan menghina agama tersebut; seksyen 295

b)Menganggu perhimpunan agama dengan sengaja; seksyen 296

c)Menceroboh ke dalam rumah ibadat atau tapak perkuburan dengan niat untuk menyinggung perasaan atau dengan niat menghina agama mana-mana individu; seksyen 297

d)Mengucapkan perkataan, mengeluarkan bunyi atau gerak badan dengan niat sengaja menyinggung perasaan penganut agama lain; seksyen 298.

Kesihatan Awam

• Selagi sesuatu kegiatan atau perbuatan yang dilakukan dengan alasan bahawa ianya termaktub dalam kebebasan beragama tersebut tidak membabitkan keterjejasan terhadap kesihatan awam, maka ianya boleh dilaksanakan.
• Kesihatan awam seperti yang dedifinasikan dalam The Untitled Fields of Public Health [1920] Science 51 (1306): 23–33 ;

"sains dan seni pencegahan penyakit, pelanjutan hayat dan pempromosian kesihatan melalui usaha teratur dan pilihan termaklum bagi masyarakat, pertubuhan, pihak awam dan pihak swasta, komuniti dan individu."

• Peruntukan dalam Kanun Keseksaan yang membabitkan kesalahan-kesalahan berkaitan kesihatan awam;

a) Perbuatan cuai yang berkemungkinan menyebabkan penyakit berjangkit tersebar; seksyen 269.

b) Perbuatan sengaja melakukan sesuatu menyebabkan penyakit berjangkit tersebar; seksyen 270

c) Ketidakpatuhan kepada peraturan kuarantin; seksyen 271

d) Menjual minuman atau minuman yang membahayakan kesihatan; seksyen 273

Moral

• Selagi mana sesuatu kegiatan atau perbuatan yang dilakukan dengan alasan bahawa ianya termaktub dalam kebebasan beragama tersebut tidak berlawanan dengan undang-undang membabitkan moral, maka ianya boleh dilaksanakan.
• Moral didefinasikan sebagai;

"ajaran atau pegangan berkenaan baik buruk sesuatu perbuatan,sikap atau cara kelakuan yang berasaskan atau yang diukur dari segi ketentuan tentang baik buruk sesuatu akhlak"; Kamus Dewan

• Bagi orang Islam, undang-undang berkaitan moral adalah terkandung dalam Enakmen atau Akta Kesalahan Jenayah Syariah misalnya;

a) Berkenaan sumbang mahram; seksyen 20

b) Berkenaan pelacuran; seksyen 21

c) Berkenaan persetubuhan luar nikah; seksyen 23

d) Berkenaan liwat (gay); seksyen 25

e) Berkenaan Musahaqah (lesbian); seksyen 26

f) Berkenaan lelaki yang berlagak seperti perempuan (transgender); seksyen 28

g) Berkenaan perbuatan tidak sopan di tempat awam; seksyen 29

• Bagi orang bukan Islam, kebanyakkan undang-undang berkenaan moral terkandung dalam Kanun Keseksaan

Perkara 11 Perlembagaan Persekutuan menyentuh rapat mengenai Kebebasan Beragama di Malaysia. Dalam memahami Perkara 11 ini, perkara yang wajar diketahui ialah :-

1. Takrif Kebebasan Agama.
2. Kebebasan Agama dalam Undang-Undang Antarabangsa
3. Kebebasan Agama dalam Islam di Malaysia.
4. Tafsiran peruntukan perlembagaan berkaitan Islam.
5. Skop kebebasan beragama di Malaysia.
6. Limitasi kebebasan beragam di Malaysia.